Callum Lynch nem jó ember. A halálsoron várja kivégzését, amikor váratlanul új esélyt kap az Abstergo iparvállalattól: amíg nekik dolgozik egy titkos kutatóbázison, életben hagyják. Egy a genetikai emlékezetet előhívó forradalmi technológiának, az Animusnak köszönhetően Callum Lynch a cég megbízásából átéli ősének, Aguilar de Nerhának a XV. századi Spanyolországban végbement kalandjait.

Callum a régmúlt újraélése közben rádöbben, hogy egy rejtélyes titkos társaság, az orgyilkosok tagjainak leszármazottja. Saját kíváncsiságától hajtva igyekszik felgöngyölíteni a rejtélyeket, amelyekkel szembesül Aguilar életén keresztül, és mérhetetlen tudásra tesz szert.

A jelenbe visszatérveminden újdonsült képességére szüksége lesz, hogy szembeszállhasson az orgyilkosok ösellenségével, a nagy hatalmú és elnyomó Templomos Renddel.

Callum Lynch ugyan nem jó ember, de azok, akik megmentették és ősei titka után kutatnak, mindennél rosszabbak.